10 月 28 日，分子之心发布了一份技术报告。它的 AI 平台 MMDesign 做了 19 个分子设计项目，18 个拿到了经实验确认的结合分子。
当天被转得最多的数字是 94.7%。
同一份报告里还躺着一个 30.7%。两个数都是真的，量的不是一回事。
先分清两个数
94.7% 说的是项目。19 个项目里，18 个至少拿到一个能结合的分子，就算这个项目成了。
30.7% 说的是候选。453 个送进实验室测的分子，139 个获得确认结合。
打个比方。19 个人去钓鱼，18 个人钓上了鱼，这是 94.7%。但这批人一共下了 453 次钩，只钓上来 139 条，这是 30.7%。
看项目，几乎全中。看每一次下钩，三次里成一次。
两个数摆在一起，才是这件事真实的样子。
靶点和表位是什么
要理解它在设计什么，先认两个词。
靶点是药想作用的那个对象，通常是体内某个蛋白质。可以当成一把锁。
表位是这把锁上具体的那一小块地方，抗体抓住的就是这里。像门把手，锁很大，能抓的只有把手。
抗体是免疫系统造出来的夹子。它认出表位，就夹上去。
传统做法有两条路。一条是给动物注射抗原，让动物自己造抗体；另一条是建一个巨大的抗体库，一个挨一个地试。
两条路都得先有实物。MMDesign 走的是第三条。
纳米抗体和大环肽
这次报告跨了两类分子。
纳米抗体，学名 VHH，是骆驼科动物体内那种只由一条重链可变区构成的抗体片段。个头比常规抗体小很多，能钻进常规抗体挤不进去的位置。
大环肽是环状的短肽，骨架被环锁住，形状不像直链那么随意。设计难点跟纳米抗体不一样。
两类都跑通了。MDM2 项目 21 个候选里 16 个命中，PD-L1 项目 28 个里 11 个命中。
纳摩尔级是多紧
报告里反复出现一个单位，纳摩尔。
它衡量的是结合有多紧，符号 KD，数值越小越紧。
纳摩尔是很小的一档浓度，一升水里溶一纳摩尔。药物研究里拿它当「够紧了」的门槛。
这次六个 GPCR 靶点，最优结合分子的 KD 都在纳摩尔级。GPR68 最低，12.1 纳摩尔。NK3R 更极端，30 个受测候选全部确认结合。
大环肽那两个数是微摩尔，13.7 和 40.2。微摩尔比纳摩尔松三个数量级。
这里要划一条线。KD 好，说明抓得紧。抓得紧离「能做成药」还隔着一大段路。
从头设计省掉了什么
报告一直强调一个说法：从头设计。
意思是生成的时候，不去数据库里找一个已知抗体当模板改，直接从靶点结构和功能需求出发，生成一段新序列。
相当于闭卷答题。
报告给了一组专门的数字。在 Thera-SAbDab 数据库里查不到已编目治疗性抗体先例的 5 个 GPCR 靶点上，89 个受测设计里 53 个拿到结合，命中率 59.6%。
没有参考答案，题也做出来了，这是它想证明的事。
为什么重要：如果只能改已知分子，没先例的靶点就没法碰，专利布局也绕不开。
数万条怎么压到几十条
真正难的环节在中间。
生成序列不难，难的是从几万条里挑出值得送进实验室的那几十条。
报告里的流程叫「生成-筛选-验证」。先在计算空间生成数万个候选，再用结构可靠性、序列天然性、基于统计物理的多层评估往下筛。
筛完，单个项目只剩 9 到 50 个候选，中位数 21 个。
这等于把海选搬进了计算机。湿实验的价钱按孔算，能少测一个是一个。
结构预测为什么是底座
能筛得准，前提是能看清形状。
MMDesign 背后是同一个团队的全原子结构预测模型 MMFold。
在 FoldBench 的抗体-抗原复合物基准上，全部 172 个界面里，MMFold 的 Top-1 高质量结构预测成功率 39.0%。同一基准上 AlphaFold 3 的对照结果是 19.8%。
约两倍。
在与 OpenDDE、Protenix-v2 有公开结果的 160 个共同界面子集上，MMFold 是 39.4%，另外两个分别是 33.0% 和 28.2%。
这条要标清楚口径。这是抗体-抗原界面这一类任务上的基准，别的任务不在它的范围内。基准之外的表现，报告没有给。
哪些是事实，哪些还没有
三个边界。
一，报告由公司自己发布，挂在 Zenodo 上，编号 23321531，没有走同行评议。量子位是获授权转载。
二，所有结果停在体外结合这一层。BLI 检测确认分子能结合，到此为止。
往后还有一长串关卡，报告碰了两项。
部分候选在 10 毫升培养规模的 CHO 细胞里表达水平不错，纯化后以非聚集主峰为主。对胰岛素和双链 DNA 两种替代抗原，非特异反应较低。
三，19 个项目是个不算大的样本。94.7% 这个数，再多一个项目就会变。
半年内这个平台迭代了三次。
创始人许锦波在报告里的说法是，这次扩展评估的意义在于把一次性的设计成功，逐步变成可重复、可扩展的研发能力。
这个说法比 94.7% 保守，也更接近这份报告真正证明的东西。
两把尺子量的是同一件事的两个面：项目能不能交卷，候选值不值得送进实验室。
【资料来源】分子之心 MMDesign 技术报告（Zenodo 收录号 23321531），经量子位 2026 年 10 月 28 日获授权刊载的报道转述。
文中 KD、命中率、成功率等数值均引自报告原文，未做换算。
靶点、表位、纳米抗体、大环肽的定义属通用概念解释，与报告结论无关。报告未经同行评议，结论以正式发表版本为准。